Νωρίς το πρωί της 18ης Μαρτίου 2009, η Κατερίνα Γκουλιώνη βρέθηκε νεκρή στο τέλος της μεταγωγής της με πλοίο από τον Πειραιά στις φυλακές Νεάπολης Λασιθίου. Μαζί με άλλες κρατούμενες μεταγόταν εκεί από τις γυναικείες φυλακές Θήβας. Υπάρχουν ισχυρισμοί ότι, κατά τη διάρκεια της μεταγωγής, την είχαν χωριστά από τις άλλες κρατούμενες και ότι τα χέρια της ήταν δεμένα πισθάγκωνα. Σύμφωνα με αναφορές, οι άλλες κρατούμενες δήλωσαν ότι έδειχνε χτυπημένη στο πρόσωπο.
«Ο θάνατος της Κατερίνας Γκουλιώνη στα χέρια των ελληνικών αρχών είναι μόνο η κορυφή του παγόβουνου. Οι καταγγελίες για απαράδεκτη μεταχείριση των κρατουμένων στις ελληνικές φυλακές πληθαίνουν, ενώ οι πρώτες πληροφορίες για τις συνθήκες θανάτου της δεν αποκλείουν το ενδεχόμενο να συνδέεται με τη δράση της για την υπεράσπιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων των κρατουμένων», δήλωσε ο Πρόεδρος του Ελληνικού Τμήματος της Διεθνούς Αμνηστίας, Σίμος Μπούρας.
Η Κατερίνα Γκουλιώνη είχε δραστηριοποιηθεί στην υπεράσπιση των δικαιωμάτων των κρατουμένων. Είχε έρθει σε επαφή με τη Διεθνή Αμνηστία σε αρκετές περιπτώσεις, προκειμένου να καταγγείλει την απάνθρωπη μεταχείριση των κρατουμένων και τις συνθήκες κράτησης στις γυναικείες φυλακές, συμπεριλαμβανομένων των γυναικείων φυλακών Θήβας και των φυλακών Διαβατών στη Θεσσαλονίκη. Ενημέρωσε τη Διεθνή Αμνηστία ότι είχε υποβάλει αναφορά στον Συνήγορο του Πολίτη, μεταξύ άλλων το Φεβρουάριο του 2009, καθώς και στη διευθύντρια των φυλακών Θήβας. Είχε επίσης εμφανιστεί σε τηλεοπτικό ντοκιμαντέρ μόλις πριν το θάνατό της.
Η Κατερίνα Γκουλιώνη είχε επίσης συμμετάσχει ενεργά στις εκστρατείες της Διεθνούς Αμνηστίας συλλέγοντας υπογραφές από τις κρατούμενες στη Θήβα για διεθνείς εκκλήσεις της οργάνωσης. Ενημέρωσε το ελληνικό τμήμα της Διεθνούς Αμνηστίας στις 17 Μαρτίου 2009 ότι πρόσφατα αφαιρέθηκε από το κελί της έντυπο υλικό της οργάνωσης, καθώς και άλλα έγγραφα σχετικά με τα ανθρώπινα δικαιώματα, και ότι άλλο υλικό δεν της παραδόθηκε ποτέ.
Σύμφωνα με πληροφορίες του Υπουργείου Δικαιοσύνης, ο θάνατος οφείλεται σε καρδιακή προσβολή. Η επίσημη ιατροδικαστική έκθεση αναμένεται την επόμενη εβδομάδα.
Η Διεθνής Αμνηστία απευθύνει έκκληση στις Ελληνικές Αρχές να διεξαγάγουν πλήρη, γρήγορη, ανεξάρτητη και αμερόληπτη έρευνα σχετικά με το θάνατο της Κατερίνας Γκουλιώνη και τις καταγγελίες που είχε υποβάλει για τη μεταχείριση των φυλακισμένων γυναικών.
«Μετά τους τόσους θανάτους, κακοποιήσεις και εξεγέρσεις κρατουμένων, πρέπει επιτέλους οι αρχές να άρουν το πέπλο συγκάλυψης των συνθηκών φυλάκισης, να επιτρέψουν την πρόσβαση σε ελεγκτικές αρχές όπως ο Συνήγορος του Πολίτη και οργανώσεις όπως η Διεθνής Αμνηστία, και να προχωρήσουν σε επείγοντα και αποτελεσματικά μέτρα για να εξασφαλίσουν, όπως έχουν υποχρέωση, το σεβασμό της αξιοπρέπειας και των ανθρωπίνων δικαιωμάτων των κρατουμένων», τόνισε ο Σίμος Μπούρας.